Maintien de salaire et prévoyance : qui paie quoi pendant un arrêt maladie

Par Grégoire Lhermet, rubrique Prévoyance collective, mis à jour le 21 octobre 2026.

Pendant un arrêt maladie, le salaire ne s'arrête pas net : il est remplacé par trois flux distincts qui ne commencent pas le même jour et ne couvrent pas le même pourcentage. La Sécurité sociale verse des indemnités journalières égales à 50 % du salaire journalier de base, après un délai de carence de 3 jours. L'employeur, lui, doit verser une indemnité complémentaire à partir d'un an d'ancienneté, mais seulement à compter du 8e jour d'absence. Entre les deux, un organisme assureur de prévoyance collective peut intervenir, selon ce que prévoit le contrat ou l'accord de branche de l'entreprise. Comprendre qui paie quoi, et à partir de quand, évite les erreurs de paie les plus coûteuses. Les règles générales sont réunies dans notre guide de la protection sociale complémentaire.

Maintien de salaire, indemnités journalières, prévoyance : trois notions à ne pas confondre

Le terme « maintien de salaire » recouvre en réalité deux mécanismes empilés. Le premier est légal : l'article L1226-1 du code du travail oblige l'employeur à verser une indemnité complémentaire à l'allocation journalière de la Sécurité sociale, sous conditions d'ancienneté. Le second est contractuel : un contrat de prévoyance collective, souscrit par l'entreprise auprès d'un organisme assureur, peut prendre en charge tout ou partie de ce maintien de salaire, voire l'améliorer au-delà du minimum légal.

Les indemnités journalières (IJ) de la Sécurité sociale sont versées directement au salarié par sa caisse d'assurance maladie (CPAM ou MSA), selon les règles décrites sur la fiche Service Public consacrée aux indemnités journalières. L'indemnité complémentaire de l'employeur, elle, relève du code du travail. La prévoyance collective d'entreprise intervient dans un troisième temps, pour tout ou partie du financement de cette indemnité complémentaire, ou pour la prolonger au-delà de ce que la loi impose. Ces trois niveaux ne se substituent pas les uns aux autres : ils se complètent, et c'est précisément leur articulation qui pose question dans les petites entreprises.

Les indemnités journalières de la Sécurité sociale pendant l'arrêt maladie

Pour avoir droit aux IJ, le salarié doit justifier d'une condition d'activité ou de cotisation minimale selon la durée de son arrêt : au moins 150 heures de travail au cours des 3 mois civils ou des 90 jours précédant l'arrêt, ou une cotisation sur une base de rémunération équivalente, pour les 6 premiers mois d'arrêt. Au-delà de 6 mois, la condition se durcit : une affiliation d'au moins 12 mois et au moins 600 heures travaillées dans les 12 mois ou les 365 jours précédant l'arrêt.

Le montant de l'IJ est égal à 50 % du salaire journalier de base, calculé sur les 3 derniers salaires bruts précédant l'arrêt, divisés par 91,25 pour un salarié payé au mois. Un délai de carence de 3 jours s'applique avant tout versement : les indemnités ne commencent qu'à compter du 4e jour d'arrêt, sauf reprise entre deux arrêts séparés de moins de 48 heures ou arrêts successifs liés à une affection de longue durée. Le salaire pris en compte pour ce calcul est plafonné à 1,4 fois le Smic en vigueur au dernier jour du mois précédant l'arrêt, ce qui donne en 2026 un plafond mensuel de 2 613,82 euros et une indemnité journalière maximale de 42,97 euros bruts.

Ce régime de base ne couvre donc, au mieux, que la moitié du salaire habituel, et seulement à partir du 4e jour. C'est tout l'enjeu du maintien de salaire complémentaire : combler l'écart entre ces IJ et la rémunération réelle, et couvrir les trois premiers jours que la Sécurité sociale ne prend jamais en charge.

L'obligation légale de l'employeur : l'indemnité complémentaire de l'article L1226-1

L'article L1226-1 du code du travail impose à tout employeur de verser une indemnité complémentaire à l'allocation journalière, à condition que le salarié ait un an d'ancienneté dans l'entreprise, que son incapacité résulte d'une maladie ou d'un accident constaté par certificat médical, qu'il ait justifié de cette incapacité dans les 48 heures, qu'il soit pris en charge par la Sécurité sociale, et qu'il soit soigné en France ou dans un autre État membre de l'Union européenne ou de l'Espace économique européen. Ces dispositions ne s'appliquent pas aux salariés travaillant à domicile, aux salariés saisonniers, intermittents ou temporaires, qui relèvent de régimes spécifiques.

Le texte de loi renvoie à un décret pour fixer le taux, les délais et les modalités de calcul de cette indemnité. Dans la pratique, ce régime légal se traduit par un délai de carence employeur de 7 jours (l'indemnisation complémentaire démarre au 8e jour d'absence, sauf disposition conventionnelle plus favorable), puis par un taux de 90 % de la rémunération brute pendant une première période, suivi d'un taux de 66,66 % pendant une seconde période, de durée équivalente. La durée totale de cette indemnisation complémentaire croît avec l'ancienneté du salarié.

Ce dispositif légal est un plancher. La convention collective de branche peut prévoir une ancienneté requise plus courte, un délai de carence employeur réduit, des taux plus élevés ou des durées plus longues. En cas de doute, la règle à appliquer est toujours la plus favorable au salarié, et elle doit être recherchée dans le texte de la convention collective sur Légifrance, jamais devinée.

Ancienneté et durées d'indemnisation : le tableau des tranches légales

La durée de versement de l'indemnité complémentaire légale dépend de l'ancienneté du salarié au moment de l'arrêt. Chaque tranche se décompose en deux périodes égales : la première indemnisée à 90 %, la seconde à 66,66 %.

Ces durées sont celles du régime légal. Elles s'épuisent sur une période de référence et se reconstituent avec le temps : un salarié qui a déjà utilisé une partie de ses droits au cours des douze derniers mois peut avoir un solde réduit s'il retombe en arrêt. La paie doit donc vérifier l'historique des arrêts de l'année précédente avant de recalculer le taux applicable, ce qui suppose de conserver une trace précise de chaque arrêt, de sa durée et du nombre de jours déjà indemnisés.

Qui paie quoi, et à quel moment : le calendrier d'un arrêt maladie

Dans une petite entreprise, le calendrier d'un arrêt maladie se lit ainsi. Les jours 1 à 3 ne sont couverts ni par la Sécurité sociale (carence de 3 jours) ni, en principe, par l'employeur si celui-ci applique strictement le délai de carence de 7 jours du régime légal : ce sont les jours les plus mal couverts du dispositif, sauf si la convention collective ou le contrat de prévoyance de l'entreprise prévoit une prise en charge dès le premier jour. Les jours 4 à 7 sont couverts par l'IJ de la Sécurité sociale seule, à 50 % du salaire journalier de base. À partir du 8e jour, si le salarié a au moins un an d'ancienneté, l'employeur ajoute son indemnité complémentaire, pour atteindre 90 % puis 66,66 % de la rémunération brute, en plus de l'IJ déjà perçue par le salarié.

Une pratique fréquente dans les entreprises consiste à demander à l'organisme assureur de la prévoyance collective de prendre en charge, pour le compte de l'employeur, une partie ou la totalité de cette indemnité complémentaire, via un mécanisme de subrogation : l'entreprise continue de verser le salaire net au salarié, et perçoit en retour les IJ et, le cas échéant, la part financée par l'organisme assureur. Ce mécanisme simplifie la vie du salarié, qui n'a pas de rupture de revenu a gérer, mais il suppose une gestion de paie précise, avec régularisation en DSN à chaque échéance.

Le contrat de prévoyance collective peut aussi aller plus loin que la loi : réduire la carence employeur, augmenter le taux de maintien, ou prolonger la durée d'indemnisation au-delà des tranches légales, en relais de l'indemnité complémentaire légale. Ce que prévoit exactement le contrat dépend de ce que l'entreprise a négocié ou de ce qu'impose sa convention collective de branche, et ne peut être deviné : il faut lire la notice d'information remise aux salariés et, en amont, l'acte juridique qui a mis en place la garantie (accord collectif ou décision unilatérale de l'employeur).

Le rôle de la prévoyance collective d'entreprise au-delà du minimum légal

La prévoyance collective n'est pas, en elle-meme, une obligation générale et uniforme pour toutes les entreprises du secteur privé, à la différence de la complémentaire santé. Son existence et son contenu dépendent le plus souvent de la convention collective applicable, qui peut imposer à l'employeur de financer des garanties incapacité, invalidité et décès, ou d'une décision volontaire de l'entreprise. Quand elle existe, la garantie incapacité de travail de la prévoyance collective sert précisément à financer, en relais de l'IJ et de l'indemnité légale, le maintien de salaire au-delà de ce que la loi impose, ou à couvrir la part que l'employeur ne financerait pas sur ses fonds propres.

C'est pour cette raison que la rubrique prévoyance collective du site distingue systématiquement ce qui relève de la loi (article L1226-1 et son décret d'application), de ce qui relève de la branche (accord ou convention collective) et de ce qui relève du contrat souscrit par l'entreprise auprès d'un organisme assureur. Un employeur qui pense que son contrat de prévoyance couvre automatiquement le maintien de salaire légal, sans l'avoir vérifié dans la notice d'information, prend un risque réel en cas d'arrêt long : si le contrat ne finance que l'invalidité et le décès, par exemple, l'indemnité complémentaire des jours 8 à 60 (ou plus, selon l'ancienneté) reste à sa charge directe.

À l'inverse, un salarié qui ignore qu'un contrat de prévoyance existe dans son entreprise peut ne pas réclamer les prestations auxquelles il a droit, notamment lorsqu'il quitte l'entreprise en arrêt de travail ou qu'il devient bénéficiaire d'une rente d'incapacité ou d'invalidité après la rupture de son contrat. Dans ce cas, l'organisme assureur doit lui adresser une proposition de maintien des garanties à titre individuel, au plus tard deux mois après la fin du contrat de travail.

Les erreurs qui coûtent cher à l'employeur

La première erreur consiste à confondre le délai de carence de la Sécurité sociale (3 jours) avec celui de l'employeur (7 jours). Un gestionnaire de paie qui applique par réflexe le même délai aux deux versements verse soit trop tard, soit trop tôt, et doit régulariser en DSN, avec le risque de pénalités de retard si l'écart n'est pas corrigé rapidement.

La deuxième erreur est de ne pas vérifier l'ancienneté exacte du salarié au jour de l'arrêt. Un salarié qui atteint un an d'ancienneté en cours d'arrêt change de régime en cours de route : avant la date anniversaire, seule l'IJ de la Sécurité sociale s'applique ; à compter de cette date, l'indemnité complémentaire légale s'ajoute, sous réserve du respect du délai de carence employeur propre à ce nouvel arrêt.

La troisième erreur, fréquente dans les petites structures, est d'ignorer l'historique des arrêts antérieurs. Les durées d'indemnisation complémentaire (60, 80, 100 jours, etc.) ne se reconstituent pas automatiquement à chaque nouvel arrêt : un salarié qui a déjà consommé une partie de ses droits sur la période de référence peut n'avoir droit qu'à un solde réduit, et pas à une nouvelle durée complète.

La quatrième erreur consiste à appliquer le régime légal alors que la convention collective de branche prévoit des règles plus favorables (ancienneté requise réduite, carence raccourcie, taux ou durées supérieurs). L'employeur doit se référer au texte exact de sa convention collective, publié sur Légifrance dans la rubrique des conventions collectives, et non à des souvenirs ou à des pratiques d'une autre entreprise.

La cinquième erreur touche à la prévoyance elle-même : penser qu'un contrat souscrit « pour la forme » dispense de vérifier ses garanties réelles. Deux contrats de prévoyance collective peuvent porter le même nom commercial et couvrir des risques très différents. Seule la notice d'information remise aux salariés, et l'acte juridique qui a mis en place la garantie, font foi.

Que se passe-t-il quand l'arrêt se prolonge ou que le contrat de travail prend fin

Si l'arrêt se prolonge au-delà de la durée d'indemnisation complémentaire légale (ou conventionnelle), le salarié ne perçoit plus que l'IJ de la Sécurité sociale, sauf si le contrat de prévoyance collective de l'entreprise prend le relais sous forme de rente d'incapacité. C'est la raison pour laquelle de nombreuses conventions de branche imposent aux entreprises de souscrire une garantie incapacité de travail qui prend le relais du maintien de salaire légal au-delà de ses propres durées.

Si le contrat de travail est rompu pendant l'arrêt, pour un motif autre que la faute lourde, le salarié peut bénéficier de la portabilité des garanties de prévoyance (décès, incapacité de travail, invalidité) si l'entreprise dispose d'un régime de prévoyance, pour une durée égale à la période d'indemnisation chômage, dans la limite de la durée du dernier contrat de travail et sans excéder 12 mois. L'employeur doit mentionner ce maintien dans le certificat de travail et informer l'organisme assureur de la cessation du contrat ; l'ancien salarié doit, de son côté, informer l'organisme assureur de la fin de ses allocations chômage. Ces démarches, souvent mal anticipées dans les petites structures qui gèrent les départs au quotidien, conditionnent le maintien effectif des droits du salarié après son départ.

Questions fréquentes sur le maintien de salaire en arrêt maladie

Dans une petite entreprise, le maintien de salaire n'est jamais un automatisme à cocher sur un logiciel de paie : c'est une succession de vérifications, l'ancienneté exacte, la date de transmission du certificat médical, l'historique des arrêts, le texte de la convention collective, puis le contenu réel du contrat de prévoyance. Prendre le temps de ces vérifications, dès le premier jour d'arrêt, évite les régularisations tardives en DSN et les litiges avec le salarié sur ce qui lui était réellement dû.